Đau đầu ở trẻ thường do nhiều nguyên nhân. Dĩ nhiên, khi trẻ bị đau đầu thường mắc bệnh cảm hay cúm, nhưng một số trẻ vẫn đau đầu hàng ngày trong nhiều tuần thậm chí sau khi vi rút đã rút lui. Nguyên nhân thường gặp của đau nửa đầu hay đau đầu do căng thẳng ở trẻ có khuynh hướng diễn ra theo chu kỳ, đôi khi cơn đau kéo dài từ 30 phút cho đến vài ngày.

Đau nửa đầu xảy ra khi các tế bào não bị kích thích cao độ dẫn đến các mạch máu giãn nở và lớp màng nhầy bao phủ não bị viêm tấy, sau đó tạo thành những tín hiệu đau trong đầu. Đau đầu do căng thẳng có liên quan đến tình trạng căng của các bắp thịt ở cổ và da đầu. Ở trẻ nhỏ, cả hai trường hợp này thường gây đau cả hai bên đầu. Đau nửa đầu ở trẻ thường khó chẩn đoán cũng như do nhiễm trùng xoang. Theo BS. Mark W.Green, chuyên khoa bệnh đau đầu thuộc bệnh viện Y khoa Mount Sinai (Mỹ): “Ngay cả khi đau đầu quanh vùng xoang làm nước mắt và nước mũi của trẻ bị chảy ra cũng chưa phải là nhiễm trùng xoang, đó là đau nửa đầu”.

Đau nửa đầu ở trẻ có thể do di truyền. Một số người thân trong gia đình quan hệ huyết thống với trẻ từng mắc bệnh này nên nguy cơ trẻ mắc bệnh sẽ càng cao. Trẻ thường bị say tàu, xe hay không thể chịu được những chuyển động xoay tròn cũng dễ bị đau đầu. Nghiên cứu của các nhà khoa học người Đức cho biết, bé trai của những gia đình thường có bất hòa, gây gổ thường bị đau đầu nhiều hơn. Khi thay đổi sinh hoạt hàng ngày, thời tiết thay đối bất thường, âm thanh ầm ĩ, thiếu ngủ, bỏ bữa cũng có thể gây đau đầu ở trẻ. Thực phẩm nói chung không liên quan đến đau đầu. Một số thực phẩm như chocolate và phô mai cũng không phải là thủ phạm gây bệnh như trước đây, nhiều người vẫn lầm tưởng.